Sistem Manajemen Mutu (QMS)  adalah sistem yang memuat garis besar kebijakan dan prosedur yang diperlukan untuk meningkatkan dan mengontrol berbagai proses yang terjadi pada suatu organisasi sehingga meningkatkan kinerjanya yang pada akhirnya mampu meningkatan kepercayaan masyarakat terhadap organisasi tersebut.

Penerapan Sistem Manajemen Mutu (QMS) di Badan POM RI yang mengacu pada ISO 9001 : 2008 diharapkan mampu mewujudkan Visi Badan POM beserta unit kerja dibawahnya yaitu Obat dan Makanan Aman Meningkatkan Kesehatan Masyarakat dan Daya Saing Bangsa. Untuk itu Badan POM harus mampu menjawab tantangan yang berkenaan dengan Obat dan Makanan yang beredar di masyarakat. Dengan komitmen  pelaksanaan SOP yang yang baik dan konsisten, Badan POM akan mampu mewujudkan hal tersebut dan pada akhirnya mampu melaksanakan  Perubahan dalam Reformasi Birokrasi yaitu Tatalaksana, Akuntabilitas, Kemampuan Sumber Daya Manusia dan Pelayanan Publik.

Untuk menjamin bahwa Badan POM RI terutama Balai Besar POM di Denpasar telah mengimplementasikan Sistem Manajemen Mutu (QMS) secara konsisten, efektif, efisien dan terintegrasi, maka sangat penting diadakannya  Internal audit Quality Management System (QMS) atau audit Internal Sistem Manajemen Mutu secara berkala. Berkaitan dengan hal ini, Balai Besar POM di  Denpasar melaksanakan audit Internal Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008 oleh Auditor Badan POM RI selama tiga hari yaitu pada hari Senin, Selasa dan Rabu, tanggal 22, 23 dan 24 Juni 2015. Bersamaan dengan kegiatan Audit Internal QMS,  dilakukan juga Review pengendalian resiko pada SOP  yang merupakan bagian dari  Sistem pengendalian intern Pemerintah (SPIP) dan Review pelaksanaan Reformasi Birokrasi yang sudah diterapkan di BBPOM di Denpasar..

Dalam rangka efektifitas dan efisiensi maka audit Internal Badan POM RI dilakukan oleh auditor masing-masing satuan Unit Kerja. Dalam hal ini di Balai Besar POM di Denpasar akan dilaksanakan oleh Auditor Sistem Manajemen Mutu Balai Besar POM di Denpasar : Dengan Ketua Auditor Ida Ayu Sekar Wathi, S. Si., Apt., MSi. yang beranggotakan : Putu Riana Suastari Rahayu, S. Farm., Apt. ; Ni Made Widyawati, SE, M.Si. ; I Made Sentanayasa, STP.

Audit Internal Sistem Manajemen Mutu ISO 9001:2008 resmi dibuka oleh Ka.Balai POM di Denpasar, Dra. Endang Widowati, Apt. pada hari Senin, 22 Juni 2015 dengan harapan Audit Internal kali ini akan mampu berperan sebagai cermin sehingga Balai Besar POM di Denpasar mampu memperbaiki diri dan meningkatkan kinerjanya dalam melayani masyarakat.

BBPOM di Denpasar