Dalam rangka penerapan Reformasi Birokrasi di lingkungan Badan POM beserta jajarannya, salah satu Program Prioritas yang harus dilaksanakan adalah Pengembangan dan Penerapan Quality Management System (QMS). Untuk itu seluruh warga organisasi Balai Besar POM di Mataram berkomitmen melaksanakan QMS. Dimulai dengan pembentukan Tim QMS ISO 9001:2008 pada tanggal 31 Agustus 2010 sesuai SK Kepala Balai Besar POM di Mataram dilanjutkan dengan In House Training pada awal September 2010. Sejak itu dimulailah implementasi dan penyusunan dokumen, selanjutnya untuk lebih meningkatkan pemahaman tentang QMS dilakukan Pelatihan Understanding QMS untuk seluruh karyawan pada bulan Oktober 2011 dan Pelatihan Audit Internal bagi 6 orang Tim QMS di SAI Global Surabaya pada bulan Oktober pula. Pada tanggal 4 Maret 2011 SAI Global melaksanakan Pre Audit dan setelah dilakukan perbaikan, maka sebagai tahap akhir pada tanggal 25 – 28 April 2011 dilakukan Audit Quality Management System (QMS ) dalam rangka Sertifikasi ISO 9001 : 2008 .

Ruang lingkup “ Bussines Process” yang diaudit meliputi kegiatan : Pemeriksaan Sarana Distribusi Obat, Sampling Produk Terapetik, Audit dalam rangka Sertifikasi Halal dan Persetujuan Pencantuman Logo/Tulisan Halal pada Label, Investigasi Awal, Operasi Gabungan Daerah, Operasi Gabungan Nasional, Penyidikan, Gelar Perkara, Permintaan Saksi Ahli, Pengujian Sampel Internal, Pengujian Sampel Swasta, Pengujian Sampel Polisi, Jaminan Mutu Laboratorium, Kalibrasi Alat, Penanganan Sampel Ekternal, Layanan Informasi Konsumen dan kegiatan penunjang seperti : Persuratan dan Pengarsipan, Pelayanan Tamu.

Kegiatan Audit Quality Management System ( QMS ) dalam rangka Sertifikasi ISO 9001 ; 2008 diikuti oleh seluruh Tim QMS Balai Besar POM di Mataram yang terdiri dari Kepala Balai Besar POM di Mataram, Manager Refresentatif (MR), Auditor Internal, seluruh Koordinator Bidang dan Pengendali Dokumen masing-masing kegiatan. Agenda kegiatannya yaitu Entry Meeting, Audit diakhiri dengan Close Meeting. Pada saat Close Meeting Auditor dari SAI Global menyampaikan hasil audit yaitu Tidak ada temuan MAJOR atau KRITIS namun ditemukan 26 Area of Concern MINOR, yang perlu diperbaiki dalam waktu 1 bulan dan Auditor menyampaikan rekomendasi sebagai berikut :

BBPOM di Mataram